「一年戰爭」中，伊歐•弗雷明與達利爾•羅倫茲在THUNDERBOLT宙域的激戰中倖存下來。兩人的命運留待第二年，0080年的「地球」做一了斷。為了將狂信教團「南洋同盟」秘密網羅的感應薩克駕駛人選一網打盡，聯邦突襲水上都市利格！伊歐也駕駛亞特拉斯鋼彈，將逃亡者逼到絕境；然而海底的追逐戰最後，卻還是未能捕獲目標。另一方面，為了極機密任務潛入利格的達利爾，卻俘虜了南洋同盟的克洛迪雅並踏上歸途──